Le conseil d'administration compte 46 sièges répartis entre les acteurs intervenant dans le secteur de l'eau à l'intérieur de la zone d'action de l'Agence.

Les Attributions du Conseil d'Administration de l'Agence

• Examine le PDAIRE avant son approbation ;
• Etudie les programmes de développement et de gestion des ressources en eau, ainsi que les programmes généraux d’activité annuels et pluriannuels de l’Agence avant leur approbation;
• Arrête le budget et les comptes de l’Agence;
• Propose à l’autorité gouvernementale chargée des ressources en eau, l’assiette et les taux des redevances;
• Affecte les redevances provenant de la pollution aux actions de dépollution;
• Approuve les conventions et les contrats de concessions passés par l’Agence;
• Approuve le statut du personnel de l’Agence.